A nagy történész, Hérodotosz Kr.e az 5. században említette Heraklion városát, részletesebben írt Amon templomáról, amelyet a nap és a levegő tiszteletére építettek.

Amon volt az egyik legfontosabb egyiptomi istenség az Egyiptomi Új Királyság idején. I.e 1550-1770 között Heraklion városát az egyiptomiak Thonis néven ismerték.

Ez az a hely, ahol Párisz és Helené elrejtőztek a trójai háború ideje alatt.

Heraklion városának felfedezése

2001-ben a kutatók úgy tudták, hogy a város a semmibe veszett. Franck Goddio régész azonban hosszú vízalatti kutatás során megtalálta az Abukiri-öbölben Heraklion városát. Jelenleg Herakliont teljes egészében a Földközi-tenger alatt van néhány száz méter mélységben.

Azokban az időkben, amikor még egy lakott település volt, az ókori Alexandriától 50 kilométerre feküdt északkelet irányban, egy igen fontos kikötőváros volt. Ugyanakkor vallási szempontból is jelentősnek számított, a tengerészek különböző ajándékokat ajánlottak fel az isteneknek.

Fekvése miatt a Nílus Velencéjeként is emlegették, egy hatalmas csatornahálózat keresztezte.

Az egyik legjelentősebb kincs, amit az elsüllyedt városban fedeztek fel, az a Ptolemaiosz idejéből fennmaradt királyi szobor volt, ami minden bizonnyal II. vagy III. Kleopátrát ábrázolta. A kutatók egy aranypénzzel teli ládát is találtak, és az Amon tiszteletére emelt templom romjait. A romok között apró szarkofágok voltak, amelyekben állati áldozatokat temettek el. A templom gránitból és dioritból épült, a romok jó állapotban kerültek elő.